L’utile idiota #2 (ovvero, come evitare di diventarlo in periodo di coronavirus)

Cosa sappiamo grazie alla genetica sulla diffusione del coronavirus

Traduzione italiana dell’articolo pubblicato su The Scientist

Tracciamento dei contatti e test genetici rivelano come SARS-CoV-2 sia circolato tra gli individui per settimane, soprattutto negli Stati Uniti, prima di essere rilevato.

Quando Emma Hodcroft ha letto che, apparentemente dal nulla, un’esplosione di casi del nuovo coronavirus era spuntata in Gran Bretagna alla fine di gennaio, ha iniziato a raccogliere informazioni tramite i media, cercando negli articoli indizi su come si era trasferito nell’isola britannica. I primi rapporti suggerirono che un viaggiatore solitario proveniente da Singapore, che non sapeva di essere stato infettato da un virus, aveva visitato uno chalet francese per alcuni giorni e aveva diffuso il virus ad altri nella stazione sciistica. Questo ha incuriosito Hodcroft, metà britannica e ricercatrice post-dottorato nel laboratorio del biologo evolutivo Richard Neher presso l’Università di Basilea in Svizzera, dove utilizza la genetica per studiare e monitorare le malattie. Ha preso appunti sui casi che sono stati associati con il viaggiatore infetto. “All’inizio non c’erano molte informazioni e la storia era semplice”, dice a The Scientist. Ma sempre più casi continuavano ad apparire, e lei ha trovato difficile tenere traccia di chi aveva viaggiato in quale paese e quando sono stati diagnosticati.

Hodcroft ha deciso di creare quindi un’infografica che mostra le connessioni tra il viaggiatore da Singapore e gli altri casi coronavirus emergenti in Europa. “Pensavo di fare un’immagine e vedere se qualcun altro la trova utile”, dice. Ha pubblicato l’immagine su Twitter, e “un po’ inaspettatamente, ha ottenuto un sacco di attenzione,” dice. “La gente era sicuramente molto, molto interessata a questo. Così ho mantenuto l’immagine aggiornata nel corso della settimana successiva o giù di lì. Mentre lo aggiornava, il grafico mostrava che almeno 21 persone erano state esposte al virus presso la stazione sciistica visitata dal viaggiatore da Singapore; 13 di queste persone avevano poi sviluppato COVID-19, la malattia causata dal virus. Dopo aver terminato i lavori preliminari, una collega di Hodcroft lo vide e le suggerì di scriverlo per la pubblicazione. Ha pubblicato il giornale il 26 febbraio; il giorno dopo è apparso in Swiss Medical Weekly.

Hodcroft ha parlato con The Scientist del lavoro, di come le sue conclusioni siano state supportate da test genetici di ceppi virali da parte dei pazienti, e di ciò che ci dice questo sulla diffusione del virus SARS-CoV-2 in altri paesi.

Lo scienziato: Quali sono i principali punti espressi nel tuo articolo?

Emma Hodcroft: In primo luogo, che sembra che così tante persone [almeno 13] potrebbero essere state infettate da una sola persona. Sembra che siano state infettate dall’uomo che ha viaggiato da Singapore. Quindi questo significa un bel po’ di contagio da parte sua in un periodo di tempo piuttosto breve; è stato solo in Francia per circa quattro giorni. Naturalmente, questo potrebbe essere un evento insolito che normalmente non accade, ma ci permette di mettere un limite esterno su ciò che è possibile anche se non è comune.  

L’altra cosa sorprendente è che, secondo la dichiarazione che il paziente ha rilasciato, il paziente zero non ha mai avuto alcun sintomo. Con le sue stesse parole, “non si è mai sentito male”. Quindi ha fatto tutto questo contagio senza mai avere alcuna indicazione che stava male o che avrebbe dovuto prendere precauzioni per modificare il suo comportamento. Questo ci dice che alcune infezioni potrebbero provenire da persone che non sanno nemmeno di essere malate.

TS: I casi in questo gruppo erano gravi o lievi?

EH: Per quanto ne sappiamo, nessuno di questo gruppo aveva sintomi gravi. Sembra che alcune persone abbiano avuto alcuni sintomi, ma non sono mai stati seri. E questo è anche interessante, perché dimostra che se non fossimo a conoscenza di questa epidemia, è molto probabile che queste persone l’abbiano considerato solo come un brutto raffreddore o influenza. Nessuno di loro sarebbe andato in ospedale o avrebbe cambiato significativamente il comportamento. Inoltre, questo indica che potrebbe essere abbastanza difficile, e sta diventando abbastanza difficile, contenere questo virus perché alcune persone non si sentono abbastanza male da cambiare il loro comportamento o fare il test.

TS: Il numero di casi è salito alle stelle in diversi paesi, Stati Uniti inclusi. In che modo il tuo lavoro su questo gruppo si collega con i dati genetici riportati su NextStrain.org circa il picco di casi?

EH: Negli Stati Uniti, dalle informazioni disponibili, non sembra ancora che gli Stati Uniti abbiano davvero intensificato i test. Non sappiamo il numero di test che sono stati eseguiti perché hanno tolto questa informazione dal sito web, il che è un po’ preoccupante. Ma almeno gli ultimi rapporti che ci sono stati forniti dimostrano che gli Stati Uniti sono davvero in ritardo rispetto alla maggior parte dei paesi per numero di test eseguiti.

Pochi giorni fa, il gruppo di ricerca Seattle Flu Study, progettato per prelevare campioni da persone a caso che hanno qualsiasi tipo di tosse, naso che cola, o sintomi simili a freddo e che cerca l’influenza, hanno iniziato a testare alcuni dei campioni per identificare il coronavirus. Hanno trovato un caso nell’area di Seattle ed hanno sequenziato il genoma virale della persona infetta [pubblicato su NextStrain] dimostrando che è collegato molto da vicino con un altro caso nell’area di Seattle noto da metà gennaio. Questo suggerisce fortemente (anche se non lo sappiamo ancora con certezza) che c’è stata una trasmissione inosservata in corso a Seattle da metà gennaio e non è stato identificato perché non lo stavamo cercando. Questo è diventato più chiaro negli ultimi giorni, poichè più casi e persino morti sono stati segnalati nello Stato di Washington. Questo ci conferma che il virus non è apparso solo negli ultimi giorni nella zona.

 

TS: In che modo le morti indicano che il virus era già presente da settimane?

EH: Questo virus provoca malattie respiratorie e può farti sentire male per un paio di giorni, per poi migliorare oppure peggiorare. Se la malattia progredisce, può causare danni ai polmoni che rendono la persona più suscettibile ad altre malattie, come l’infezione batterica. Questo può essere trattato e per molte persone il trattamento migliora il corso dell’infezione, ma in alcuni casi non funziona ed il trattamento può solo ritardare la morte. Quindi l’infezione può essersi verificata settimane [prima che una persona muoia]. Questo non è qualcosa di intrinseco a questo virus, tuttavia. Con malattie respiratorie, di solito sono necessari una notevole quantità di infezione e di danni polmonari prima di soccombere alla malattia.

TS: Perché il tracciamento genetico è importante per collegare i casi?

EH: Il sequenziamento può dirci molto su ciò che sta accadendo con il virus in questo momento. Gli esempi di Washington sono un esempio perfetto. . . Senza avere questi genomi, non avremmo mai visto questo segnale di contagio in corso, che abbiamo visto poco prima dell’esplosione del caso a Washington. E dall’altro lato possiamo dire quando i casi arrivano da altri paesi. Abbiamo un altro genoma dello Stato di Washington che si collega con genomi che sappiamo avere una storia di viaggio in Italia, quindi sembra che questo potrebbe essere un caso in cui [una persona infetta] è tornata dall’Italia.

Quando si ha un numero molto ridotto di casi di una malattia, è possibile farlo solo attraverso il tracciamento dei contatti epidemiologici: si può andare da tutti e fare domande e scoprire le connessioni tra i casi. Man mano che i numeri dei casi aumentano, questo diventa molto difficile da fare. Con il sequenziamento genetico, possiamo farlo senza dover andare a cercare di capire dove tutti erano al momento dell’infezione. Abbiamo avuto un afflusso di sequenze da Brasile, Svizzera, Messico, Scozia, Germania. Questi sono collegati con sequenze dall’Italia ed hanno una storia di viaggio dall’Italia e quindi da questo possiamo dimostrare che l’Italia sta davvero esportando casi in tutto il mondo in più paesi.

TS: In che modo i funzionari della sanità pubblica potrebbero utilizzare queste informazioni? Ad esempio per prendere decisioni sul contenimento o sui viaggi aerei?

EH: C’è stato un sacco di modellazione, non solo con la genetica, ma anche epidemiologicamente nelle ultime settimane, e abbiamo avuto indicazioni piuttosto forti che la circolazione era più ampia di quanto si pensasse pubblicamente. A quel tempo, abbiamo cercato in una certa misura di far arrivare questo messaggio alle agenzie sanitarie governative e al pubblico in generale. Credo che in futuro, l’integrazione di un po’ più di tale competenza scientifica, forse, nel dialogo pubblico e nel processo decisionale del governo potrebbe fare una grande differenza. Prima si riesce ad intervenire in un’epidemia, maggiore effetto si può avere, perché una persona continua ad infettare un paio di persone che vanno ad infettare un paio di persone in più. È molto più difficile una volta che è salito a 10 il numero di persone infettate, piuttosto che arrestare il processo alla prima persona.

Una cosa che vorrei notare è che gli studi hanno dimostrato che limitare il trasporto in realtà non ha un grande impatto per i focolai. Mettere in quarantena determinate città, se sembrano essere epicentri, può funzionare come misura preventiva, ma man mano che l’epidemia aumenta, si oltrepassa la possibilità di poterla contenere, e quello che si finisce per fare è semplicemente interrompere le vie di approvvigionamento, interrompere le attività delle imprese, rendendo il tutto solo molto più difficile.